CGWork: Herramienta para el estudio de genómica comparativa con aplicaciones en el diseño racional de vacunas

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Jorge Alejandro Jiménez Garí Fernando Figueredo Sánchez Víctor Ventura Mena

Resumen

Debido al desarrollo de las técnicas de secuenciación y la acumulación de datos de varios genomas de microorganismos se abre la posibilidad de realizar estudios de genómica comparativa para la identificación de candidatos vacunales. En estos estudios se buscan proteínas de superficie universalmente presentes y poco variables entre organismos de una misma especie. En este trabajo se presenta una herramienta capaz de realizar un proceso de agrupamiento y análisis de subconjuntos de genomas. Basa su funcionamiento en un proceso de agrupamiento progresivo con dos medidas de similitud, una que permite el cálculo rápido con baja sensibilidad, basada en descomposición en k-tuplas, y otra que permite una búsqueda exhaustiva, basada en alineamientos, con una mayor sensibilidad, pero con mayor tiempo de procesamiento. Además, posibilita la búsqueda de un gen específico y su localización tanto en el genoma como los clústeres en que se encuentra, para la búsqueda de sus posibles ortólogos La herramienta tiene potencialidades en el diseño racional de vacunas, y ya se está empleando en un proyecto cuyo fin es la explicación de la reactividad cruzada a la vacuna cubana contra meningitis meningocócica VAMENGOC-BC.

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Cómo citar
Jiménez Garí, J., Figueredo Sánchez, F., & Ventura Mena, V. (2022). CGWork: Herramienta para el estudio de genómica comparativa con aplicaciones en el diseño racional de vacunas. Serie Científica De La Universidad De Las Ciencias Informáticas, 15(6), 70-83. Recuperado a partir de https://publicaciones.uci.cu/index.php/serie/article/view/1083
Sección
Artículos originales